La Secretaría General de FLACSO participó en el Taller: Tanques de pensamiento "Diálogos Morazánicos de integración", organizado el Sistema de Integración Centroamericana (SICA) y la Agencia Española de Cooperación Internacional para el Desarrollo (AECID), desarrollado durante dos días en el Centro de Formación de Cooperación Española, Antigua, Guatemala, 17 y 18 de noviembre de 2016.

Reunió a investigadores de varias universidades y centros de investigación y de pensamiento de países del  Sistema de Integración Centroamericana (SICA): Guatemala , El Salvador, Honduras, Nicaragua, Costa Rica y República Dominicana así como la Fundación ETEA para el Desarrollo y la Cooperación.  

Su objetivo consistió en identificar los rasgos de una estrategia de pensamiento crítico y propositivo desde los Diálogos Morazánicos de Integración para fortalecer la capacidad de articulación multinivel del Sistema de la Integración Centroamericana. Promover investigaciones que resalten el papel del proceso de la integración centroamericana, sus logros, avances y debilidades con el objetivo de trazar líneas de acción a futuro.